药物分子通用力场是很多基于结构的药物设计方法的基础,针对给定目标分子集进行参数化,实现对分子内和分子间相互作用的精确描述。分子动力学计算中使用的力场通常以一组已知分子为训练集,获取力场参数,再降这些参数应用于对新分子的计算中。目前主流的小分子力场存在一些普遍性问题,如精度有限、化学空间覆盖性不足、力场参数定制化拓展需求无法满足等。除覆盖空间和精度方面,传统的分子力场开发的另外一个痛点是耗时过长,需要大量繁琐的人力介入,在此过程中难免会引入大量人为错误。
为解决这些问题,我们自主研发了针对药物开发的新一代小分通用力场XForce Field,通过技术革新,使它具备以下特色:
基于多样化针对性设计的训练集,新力场对类药分子的化学空间覆盖更全面。XForce Field开发中使用的分子训练集与学术界广泛使用的主流力场相比庞大数百倍,这使得XForce Field能在保证覆盖常见化学空间的同时,在药物设计中探索全新的化学空间,提高药物设计的成功率。
以量子化学计算及大量实验数据作为训练目标,XForce Field能够更精确地描述化合物构象、单分子性质、分子间相互作用,以及在溶液和药物靶标中的行为,从而提高药物预测的精度。与高精度量子动力学计算相比,定制化的Xforce Field力场可以实现3-6 kJ/mol的精确度,与其他主流力场相比,精确度显出提高。
XForce Field可以根据客户需求选择本地部署或者云端部署。云端部署可以让使用者在短时间内获得海量计算资源,快速完成客户所需目标分子集的验证以及重新参数化。而本地部署,更适用于根据客户内部敏感数据,发展定制化分子力场。